Көптеген ғалымдардың пікірінше, адам денсаулығы үшін қауіпсіздіктен басқа, биотехнология қоршаған ортаға қандай қауіп төндіреді деген сұрақ белсенді түрде талқылануда. Олардың басқа жәндіктерге қауіп төндірмейтініне толық сенімділік жоқ. Трансгенді дақылдар бақылаусыз таралса, өсімдіктерден алынған гербицидтерге төзімділік те нашарлауы мүмкін. Олардың кейбіреулері — жоңышқа, күріш, күнбағыс — сипаттамалары бойынша арамшөптерге өте ұқсас және олардың ерікті өсуін басқару оңай болмайды. Егер гербицидтерге төзімділік гендері тасымалданса, ұқсас мәселе туындайды
мәдени өсімдіктерден туысқан жабайы түрлерге дейін. Зиянкестерге улы болып табылатын белоктарды кодтайтын гендерді тасымалдау мүмкіндігі де жоққа шығарылмайды. Жеке инсектицидтерді шығара алатын арамшөптер көбінесе олардың өсуін табиғи шектейтін жәндіктермен күресуде үлкен артықшылыққа ие болады. Барлық осы әсерлер ұзақ мерзімді перспективада бүкіл қоректік тізбектердің бұзылуына және соның салдарынан жеке экожүйелердегі тепе-теңдікке әкелуі мүмкін деген алаңдаушылық бар.