Мамандар мен экологиялық қоғамдастықты ауыл шаруашылығында ГМО қолдануға байланысты алаңдататын басты мәселелердің бірі – табиғи экожүйелердің жойылу қаупі. Бүкіл әлемде трансгенді дақылдардың кеңеюімен бұл сөзсіз болады. ГМО қоршаған ортаға жат, олар ешқашан оның бөлігі болған емес. Бүгінгі әлем ластанудың түбегейлі жаңа түрі – генетикалық ластанумен бетпе-бет келіп отыр. Химиялық және радиоактивті ластанудан айырмашылығы ол ең аз зерттелген, мұндай ластануды тоқтату мүмкін емес және адам оның зардаптарын жоя алмайды.
Нақты генетикалық ластанудан басқа, ГМО-ны пайдалану қоршаған ортаға химиялық әсердің жоғарылауын білдіреді. ГМ-өсімдіктердің гербицидке төзімді сорттарын жасау химиялық заттардың құнын арттырып, қоршаған ортаның химиялық ластану проблемасын ушықтыратыны қазірдің өзінде дәлелденген. Барлық отырғызылған GM дақылдарының (соның ішінде соя) 70%-дан астамы Monsanto Roundup гербицидіне төзімді өсімдіктер. 1998-2000 жылдар аралығында дүние жүзінде трансгенді өсімдіктердің егіс көлемі 27,8-ден 44,2 миллион гектарға дейін өсті. Сол екі жыл ішінде Roundup-тың сатылымы 5 еседен астам өсті. 2001-2003 жж ұқсас заңдылық байқалды.
ГМО-ны пайдаланудың экологиялық зардаптарының ішінде келесілер болуы мүмкін:
Трансгендік организмнің оған енгізілген бөгде гендердің көп реттік әрекетіне байланысты болжауға болмайтын жаңа қасиеттерінің көрінісі. Мысалы, сақтау мерзімін қысқарту және өсу кезінде сыни температураға төзімділік.
Жаңа геннің бейімделуімен және ГМО-ның жаңа қасиеттерінің көрінуімен, сондай-ақ бұрыннан жарияланған өзгерістермен байланысты қасиеттердің кешіктірілген өзгерістерінің қаупі (бірнеше ұрпақтан кейін).
Жоспарланбаған мутантты организмдердің (мысалы, арамшөптер) болжау мүмкін емес қасиеттері бар пайда болуы. Ген құрылымдарының бақыланбайтын тасымалдануы, басқалармен қатар, жабайы өсетін туыстық және тектік түрлермен ГМ өсімдіктерінің айқас тозаңдануына байланысты мүмкін.
Мақсатты емес жәндіктерді және басқа тірі ағзаларды жеңу. Зиянкестерге төзімділік гені енгізілген сорттар олар үшін ғана емес, сонымен қатар ГМ өсімдіктерімен қоректенетін басқа тірі тіршілік иелері үшін де қауіпті болуы мүмкін.
Экожүйедегі қоректік тізбектің барлық қатысушыларына теріс әсер ету. Трансгенді компоненттері бар жем жануарларға, содан кейін осы жануармен қоректенетін жыртқышқа теріс әсер етуі мүмкін. Норвегияның Тромсо университетінің атақты молекулярлық биологы профессор Терье Травиктің айтуынша, гендік-инженерлік тағаммен қоректенген балықты құс, адам немесе басқа біреу жеген кезде, өзгерген ДНҚ-ның ықтимал теріс әсері анықталады. осы ДНҚ-ның балықта болу дәрежесі және балық денесінде болған өзгерістер (бар болса) бойынша. Дегенмен, бұл салада эксперименталды зерттеулер әлі жүргізілген жоқ.
ЖМ өсімдіктерімен қоректенетін жәндіктерде, бактерияларда, саңырауқұлақтарда және басқа да организмдерде трансгендік токсиндерге төзімділіктің пайда болуы.
Фитовирустардың, әдетте, гендік инженерия процесінде көмекші ретінде қолданылатын вирустардың гендерінен тұратын ГМО-дағы трансгенді құрылымдармен әрекеттесуі кезінде фитовирустардың жаңа, аса қауіпті штаммдарының пайда болуы.
Мәдени өсімдіктердің жабайы туыстарының туыстас трансгенді өсімдіктермен айқас тозаңдануына байланысты олардың шығу тегінің генетикалық орталықтарында генофондының әртүрлілігін жоғалту.
Табиғи сұрыпталуға әсері. Пурдю университетінде, Уэст-Лафайетте, Индиана, АҚШ, сарапшылар 60 трансгенді даралар инфильтрацияланған 60 000 жабайы балық популяциясының компьютерлік моделін жасады. Нәтижесінде шамамен 40 ұрпақтан кейін (яғни, бірнеше жылдан кейін) олар жабайы туыстарының барлық популяциясын ауыстырды. Қазіргі уақытта мамандар аквариумдарда мұндай жағдайдың шындықта болу мүмкіндігін анықтау үшін эксперимент жүргізуде.