Для производства пищевой добавки триптофан в США в конце 1980-х годов была создана ГМ-бактерия. Однако вместе с обычным триптофаном она стала вырабатывать этилен-бис-триптофан. Это соединение явилось причиной тяжелого заболевания (мышечные боли, спазмы дыхательных путей) сотен и гибели десятков человек.
ГМ-соя с геном бразильского ореха, устойчивая к гербициду раундап, вызывает у некоторых людей сильную аллергию. Устойчивая к одному из вирусов ГМ-папайя — также сильный аллерген.
У крыс, которых 9 месяцев кормили ГМ-картофелем, произошло стойкое нарушение иммунной системы, возникли аномалии в строении желудочно-кишечного тракта, печени, селезенки и головного мозга.
Божьи коровки, которые питались тлями, жившими на ГМ-картофеле, становились бесплодными.
В Индии устойчивость к гербицидам ГМ-рапса передалась дикой горчице, которая в результате стала сорняком рапса.
В Канаде стихийно возникло несколько малоценных гибридов ГМ-растений, устойчивых против нескольких гербицидов (кандидаты в суперсорняки).
В Канаде возбуждены судебные дела по возмещению убытков от засорения генетически чистого рапса семенами трансгенных сортов (корпорация «Монтсано» утверждала при получении разрешения на посев ГМ-рапса, что он не может опылять другие сорта).
Ген бактерии Bacillus thuringiensis, включенный в геном картофеля, вырабатывает вещество, вызывающее паралич жевательных мышц колорадского жука, и в результате жуки гибнут от голода (Bt-токсин сходным образом действует, по крайней мере, на 150 других видов насекомых, не нападающих на картофель).