Как утверждают многие ученые, помимо безопасности для здоровья человека, активно обсуждается вопрос, какую потенциальную угрозу несут биотехнологии для окружающей среды. Пока нет стопроцентной уверенности, что они не представляют никакой опасности и для других насекомых. Приобретенная растениями устойчивость к гербицидам также может выйти боком, если трансгенные культуры начнут бесконтрольно распространяться. Некоторые из них — люцерна, рис, подсолнечник — по своим характеристикам очень похожи на сорняки, и с их произвольным ростом будет не так легко справиться. Похожая проблема возникнет в случае, если гены устойчивости к гербицидам перейдут
от культурных растений к родственным дикорастущим видам. Не исключена и возможность передачи генов, кодирующих токсичные для вредителей белки. Сорные травы, способные вырабатывать собственные инсектициды, получат огромное преимущество в борьбе с насекомыми, которые часто являются естественным ограничителем их роста. Есть опасение, что все эти эффекты в долгосрочной перспективе могут вызвать нарушение целых пищевых цепочек и, как следствие, баланса внутри отдельных экосистем.